Поскольку ваши фреймы данных имеют разный размер, вам нужно использовать mapply
для сопоставления столбцов один за другим и сравнения, т. Е.
mapply(function(x, y)which(x == y), medoids, a)
#x y
#3 3
ПРИМЕЧАНИЕ: Вам не нужно arr.ind
, так как вы сравниваете одномерные векторы (отдельные столбцы)