Полагаю, SQLite на самом деле будет хорошо работать с большими базами данных, особенно если вы правильно их проиндексируете. Учитывая популярность SQLite, маловероятно, что у него будут фундаментальные ошибки.
Я бы посоветовал вам пересмотреть решение об исключении SQLite и попытаться компенсировать смещение выбора отрицательных отчетов. То есть люди, как правило, публикуют отчеты об ошибках, а не отчеты, не связанные с ошибками, и если бы SQLite была самой популярной встроенной базой данных, вы могли бы ожидать увидеть больше негативных событий, чем с менее популярными пакетами, даже если они превосходили.