Как правило, лучший способ научиться - просто взглянуть на структуры каталогов, которые используют другие люди.Например, это ориентировано на использование cmake, но имеет довольно типичную структуру каталогов:
https://github.com/SethMMorton/cmake_fortran_template
Вот еще один большой проект, который использует fortran, но их структура каталогов немного отличается (но все еще непротиворечиво):
https://github.com/cp2k/cp2k
Как правило, вы создаете структуры каталогов, аналогичные тем, которые вы делаете в любом другом проекте на другом языке.Вы хотите, чтобы имена ваших папок имели смысл: в качестве примера вы можете решить, что двоичные файлы находятся в папке / bin, документация - в / doc, примеры - в / example, исходный код в / src, хороший readme.txt или readme.md в корневой папке и т. д.
Действительно, самое важное - это быть последовательным.Не просто бросайте все в корневую папку, если это не крошечный проект с парой файлов.