NamedParameterTemplate - это просто абстракция вокруг Jdbc. Весной за управление транзакциями отвечает Менеджер транзакций, не то, что вы не можете сделать это через простой JDBC, но это весенний путь. Spring использует AOP для проверки аннотированных методов и делегирует управление транзакциями. Но эта роль отделена от NamedParameterTemplate.
Таким образом, вы можете свободно использовать его и комментировать ваши методы, если они находятся в компоненте / бине, управляемом Spring, с помощью @ Transactional