Используйте входы R-скрипта с CWL

Question

Я создаю CWL-конвейер для простого R-скрипта (выполняется в контейнере Docker), который читает в CSV-файл с помощью read.csv, а затем анализирует их. Я могу прочитать в файле, передав файл в сценарий R с помощью commandArgs(trailingOnly=TRUE) в сценарии. Тем не менее, есть ли другой способ чтения из файла (т.е. CSV-файл) в сценарий R с использованием CWL? Я чувствую, что commandArgs(trailingOnly=TRUE), возможно, не лучший вариант.

Мой .cwl выглядит следующим образом:

#!/usr/bin/env cwl-runner
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
requirements:
  ResourceRequirement:
    ramMin: 2096

hints:
 DockerRequirement:
  dockerPull: docker/image

inputs:

 script:
   type: File
   inputBinding:
      position: 1

 annotation:
   type: File
   inputBinding:
      position: 2

baseCommand: [ Rscript ]

outputs:
 getFile:
  type: File
  outputBinding:
   glob: getFile.RData

Мой .yml выглядит следующим образом:

script:
  class: File
  path: script_final.R

annotation:
  class: File
  path: annotation_full.csv