Мы сделали точно так же, как вы описали, с использованием Spring-Boot с необычной зависимостью JAR, которая не может быть загружена в репозиторий из-за проблем с лицензированием поставщиков.Файл jar был скопирован в каталог lib
в корневом каталоге проекта и на него ссылались в gradle следующим образом:
compile fileTree(dir: "lib", include: ["the-jar-filename.jar"])
У нас не было проблем с этим решением.