Это звучит как работа для запланированной задачи Windows.Я предполагаю, что вы используете классы ProcessStart для запуска программы из .NET?Если это так, то я думаю, что единственная разница заключается в накладных расходах, связанных с загрузкой сборок WinForm по сравнению с загрузкой в консольном приложении.