Невозможно избежать этого, вы должны очистить эти значения один за другим.
Вы должны повторять ключи общих настроек и избегать ключей, которые вы не хотите очищать.
SharedPreferences preferences = await SharedPreferences.getInstance();
preferences.getKeys();
for(String key in preferences.getKeys()) {
if(key != "email" && key!= "password") {
preferences.remove(key);
}
}