Я использую команду sqlite3 .dump примерно так:
sqlite3 infile.db ".dump my_table" | sqlite3 outfile.db
Сначала я подумал, что наконец-то нашел способ скопировать (среди прочего) индексы, что было бы неплохо для параллельной обработки.
Но теперь мне кажется, что индексы просто воссоздаются, так как процесс sqlite3 infile.db давно завершен, а процесс sqlite3 outfile.db все еще выполняется на 100% ЦП.