Из моего набора протеомных данных MS после этапов фильтрации у меня было 20 белков, и я использовал только один белок-приманку для этого эксперимента. Итак, у меня есть только список из 20 белков (без количественных данных).
Затем из cBioPortal я выбрал набор данных по раку молочной железы из базы данных TCGA, которая включает данные об экспрессии мРНК. Итак, теперь для каждого из этих 20 разрушенных белков мне нужно создать диаграмму рассеяния, в которой на оси x показаны внутренние подтипы PAM50 (подтипы рака молочной железы, такие как базальный, люминальный A, люминальный B, HER2-обогащенный, нормальный как и claudin-low), а ось y отображает экспрессию мРНК (или z-баллов или log2-экспрессии мРНК).
Этот график коррелирует экспрессию мРНК с подтипами PAM50, а также экспрессию мРНК моего приманочного белка. Итак, из этих 20 белков-кандидатов я могу выбрать те, у которых их экспрессии мРНК имеют высокую корреляцию с экспрессией мРНК приманки, в то время как их экспрессии также классифицированы по различным подтипам рака молочной железы (PAM50).
Я очень ценю любую помощь в том, как создать такой сюжет.
Большое спасибо.