В командной строке вы можете указать logstash, где взять файл конфигурации:
bin/logstash -f config1.conf
Запустить второй файл с другим файлом конфигурации:
bin/logstash -f config2.conf
Если вы хотитесделать это при запуске, вам нужно будет настроить отдельный initd / systemd для каждого желаемого процесса.
Можете ли вы объяснить, каков ваш вариант использования?Logstash может обрабатывать несколько входов и некоторые довольно сложные конфигурации всего одним процессом.