Изменение размера коробочных участков, сжатых из-за большого количества выбросов в ggplot

Question

Я сгенерировал блочную диаграмму для большого набора данных, где я показываю влияние генотипа на коэффициенты сплайсинга, в результате я получил коробочную диаграмму со многими выбросами, из-за которой размер коробчатых диаграмм сжат, я могу игнорировать выбросы, используя (outlier.colour = NA), но когда я пытаюсь сбросить ylim с помощью scale_y_continuous (limit = c (нижний, верхний)), он меняет всю динамику. Может ли кто-нибудь помочь мне с изменением высоты коробочных диаграмм, чтобы я мог четко видеть это изменение.

Этот пост является актуальным, но мне не удалось решить эту проблему.

Игнорировать выбросы в ggplot2 boxplot

Я использовал этот код дляplot:

Trans <- read.delim("EXAMPLES/AT1G04170_SR_2", header=TRUE, 
sep="\t")
Trans_1 <- 
ggplot(data=Trans,mapping=aes(x=Genotype,y=Ratio,fill=Isoforms)) 
+geom_boxplot(outlier.colour = NA) 

Data

   sample   Isoforms    Ratio   Genotype

    108 AT1G04170_JC4   0.114555061397559   CC

    139 AT1G04170_JC4   1.43188141139633E-07    CC

    159 AT1G04170_JC4   0.974829214147311   CT

    108 AT1G04170_P1    0.885444938602441   CC

    139 AT1G04170_P1    0.980915433730349   CC

    159 AT1G04170_P1    0.025170785852689   CT

    108 AT1G04170_P2    0   CC

    139 AT1G04170_P2    0   CC

    159 AT1G04170_P2    0   CT

    108 AT1G04170_c1    0   CC

    139 AT1G04170_c1    0.01908442308151    CC

    159 AT1G04170_c1    0   CT

Я хочу, чтобы поля внутри ggplot были меньше сжаты, чтобы я мог видеть цвета и правильно.

текущее изображение: https://ibb.co/S3gS2KR

Answer 1

Во-первых - не уверен, почему вы видите так много выбросов.Когда я запускаю ваш код, я ничего не вижу.

Второе - это не проблема, а проблема масштабирования.То есть изменчивость выборки мала по сравнению с минимальной и максимальной величиной.Вы можете сделать график больше.Если вы используете RStudio, вы можете сделать это в заголовке фрагмента кода следующим образом:

```{r, fig.height=8}    
ggplot(data=Trans,mapping=aes(x=Genotype,y=Ratio,fill=Isoforms)) + 
  geom_boxplot(outlier.colour = NA) 

```

Третий - вы не сможете увеличить 5 полей справа, потому что все этизначения одинаковы, т. е. все значения = 0.

РЕДАКТИРОВАТЬ: если присмотреться к своим данным, то не все значения равны 0, но возвращаются к основной проблеме, значения настолько близки по сравнению с вашим y-мин и у-макс.