Если ваша кнопка верхнего окна должна что-то сделать, то выйдите, вы можете позвонить top.destroy
после выполнения вещи:
Может быть что-то вроде этого:
import tkinter as tk
def do_that_and_close(top):
print('doing that')
top.destroy()
def launch_top():
top = tk.Toplevel(root)
lbl = tk.Label(top, text='this is top')
lbl.pack()
btn = tk.Button(top, text='do this and quit', command=lambda: do_that_and_close(top))
btn.pack()
root = tk.Tk()
lbl = tk.Label(root, text='this is root')
lbl.pack()
root_btn = tk.Button(root, text='launch top', command=launch_top)
root_btn.pack()
quit_btn = tk.Button(root, text='quit', command=root.destroy)
quit_btn.pack()
root.mainloop()