CLR (он же .NET Framework) был реализован хотя бы один раз в Linux, в Mono.
Правда, вы можете создать дистрибутив Linux, который поставляется с Mono, или использует .NET для некоторых из своих скриптов запуска / демонов. Это было бы хорошо. Кто-то, вероятно, уже сделал это.
Я не вижу, какое именно преимущество дает запуск управляемого кода в ядре, вероятно, нет. Запуск управляемого кода в ядре будет очень трудным, потому что во многих частях ядра выделение памяти должно выполняться осторожно - у вас, вероятно, не будет достаточно контроля. Более того, стеки ядра, вероятно, слишком малы по умолчанию и т. Д. В ядре есть несколько контекстов, где выделение кучи памяти вообще не должно выполняться.