PHP имеет близкую к нулю поддержку автоматической кодировки символов. Вы должны будете отслеживать, какая кодировка есть у любой заданной строки, и убедиться, что она преобразуется в соответствующую кодировку каждый раз, когда она входит или выходит из вашего кода. Как только удачный способ сделать это - решить, что все целочисленные строки находятся в определенной кодировке (например, PHP), и преобразовать каждую входящую строку в эту кодировку при входе.
(или используйте другой язык)