Можно ли включить ServiceDependency в зависимости от того, был ли установлен флажок в приложении WIX?
Ваш флажок, скорее всего, установит свойство. Затем можно использовать условие для компонента, чтобы контролировать, установлен ли этот компонент, который добавляет зависимость от службы.