Когда со мной случается, я проверяю две вещи, попробуйте одну или обе:
перейдите к .classpath
файлу и откройте его с помощью блокнота, убедитесь, что все пути существуют.
щелкните правой кнопкой мыши свой проект -> «Путь сборки» -> «Настроить путь сборки» -> «Заказы и экспорт», попробуйте снять флажок «Системная библиотека JRE».
Дайте мне знать, если это работает для вас.