Похоже, проблема с разрешениями пользователя. Скорее всего, пользователь, который запускает Rstudio Server, не имеет доступа на запись на вашей виртуальной машине. Когда вы запускаете сценарий вручную, вы вошли в систему как тот же пользователь, который выполняет сценарий планировщика задач?
Например, на моем удаленном сервере Shiny Server пользователь, реализующий сценарии, по умолчанию называется «блестящим». Следовательно, я должен дать «блестящему» пользователю права rwx на каталог скриптов.
Редактировать: Конечно, вы можете добавить планирование через системное задание (или eqv) вне среды Rstudio. В Linux предполагается, что у пользователя cron есть разрешения rwx в каталоге:
Rscript /path/to/script.R