Вы можете попробовать использовать псевдоним так:
$query = StoreItem::find()
->alias('si')
->innerJoinWith('stores', true)->innerJoinWith('users', true);
или определить псевдоним в своих моделях следующим образом:
public function getUserOrdersItems()
{
return $this->hasMany(UserOrdersItems::className(), ['user_orders_id' => 'id'])->alias('orderItems');
}
это просто пример.Вы должны работать со своими 3 моделями.