Я получил ответ от @ Jean-Baptiste, разработчика owlready2
Возможно добавить суперклассы в существующий класс со следующим синтаксисом:
Class.is_a.append(SuperClass).
Суперкласс может быть классом или ограничением свойства, например
Classe.is_a.append(property.some(Value))