A RichEmbed отправляется как часть сообщения. Поэтому, когда вы добавляете реакцию, она появляется в сообщении, а не встраивается.
См. Пример ниже, который дает появление реакций на встраивании.
const { RichEmbed } = require('discord.js');
var embed = new RichEmbed()
.setTitle('**Test**')
.setDescription('React with the emojis.');
message.channel.send(embed)
.then(async msg => {
// Establish reaction collector
for (emoji of ['◀', '▶', '❌']) await msg.react(emoji);
})
.catch(console.error);