Если у вас ограниченное количество известных подкаталогов, я бы сделал что-то вроде этого:
RewriteCond %{REQUEST_URI} (list|of|sub|dirs)
RewriteRule . - [s=1]
RewriteRule ^(.*)\.html $1\.php
Это пропускает следующее 1 правило, когда условие выполняется. Вы можете изменить [s=1]
, чтобы он соответствовал любому количеству правил, которые вы не хотите применять к подкаталогам.