Проблема заключается в том, что в среде, в которой запускается ловушка, не определена переменная JAVA_HOME. Среда наследуется от родительского процесса, поэтому в зависимости от того, как и когда запускается IntelliJ, его environemnt
Самый простой способ решить эту проблему - определить JAVA_HOME в самом хуке (или, может быть, в .bash_profile), например, добавив в него export JAVA_HOME=<PATH to your Java Home>
.Таким образом, переменная будет установлена во время выполнения ловушки, и gradlew не завершится с ошибкой.