Проблема в том, что ключевое слово PARENT в поиске использует основной родительский элемент. Ваш объект ts: folderSubSet является вторичным родителем вашего объекта ts: folderSet. Я не думаю, что вы сможете написать один запрос, который может найти экземпляры ts: folderSet, у которых нет экземпляра ts: folderSubSet в качестве вторичного родителя.
Вы можете написать запрос, который возвращает объекты ts: folderSet, а затем вы можете перебирать каждый из результатов, проверяя его список родителей для вторичного объекта. Не идеально, но это, вероятно, лучшее, что вы можете сделать.