Если ваш фрейм данных выглядит так;
aa = df.DataFrame(np.array([[1,2,nan],[3,nan,5],[8,7,6],[nan,nan,0]]), columns=['a','b','c'])
a b c
0 1.0 2.0 NaN
1 3.0 NaN 5.0
2 8.0 7.0 6.0
3 NaN NaN 0.0
Чтобы посчитать 'nan' по столбцам, вы можете попробовать это
aa.isnull().sum()
a 1
b 2
c 1
Для общего количества нан
aa.isnull().values.sum()
4