Вы можете использовать команду df, чтобы проверить общее использование диска. Если вы хотите проверить, сколько места занимают определенные каталоги на экземпляре, используйте du [DIRECTORY] -h (параметр -h делает результат более читабельным для человека. Например, вы можете использовать что-то вроде sudo du -h --max-depth=1, чтобы показать, сколько места в каждом каталоге в вашем корневом каталоге, так что вы можете решить, где удалить вещи.
Помимо вышеуказанной ручной проверки, вы также можете попробовать apt-get autoremove, она будет сканировать и удалять старые и неиспользуемые зависимости, установленные ранее.