Вы не можете выполнить отдельный процесс для установки переменной в текущем (если вы не пишете отладчик и не хотите туда идти).
Чтобы установить переменную в текущем процессе, необходимо выполнить сценарий с помощью команды source, часто используя вместо нее . в качестве альтернативного имени.
Мне кажется, что вам просто не хватает пробела после начальной точки (маловероятно, что у вас есть это дерево каталогов в вашем текущем каталоге):
. /usr/sap/Silentinstall/commercedownloads/commerce/hybris/bin/platform/setantenv.sh >>/usr/sap/Silentinstall/commercedownloads/logsetantenv.txt