Я хочу включить nginx поверх Apache, но мой apache уже использует сертификат SSL certbot и прослушивает порт 443, как включить в него nginx?
Лучше всего использовать nginx в качестве обратного прокси для apache. Таким образом, вы можете использовать apache для прослушивания порта 80 и настройки давайте зашифруем на nginx, поэтому трафик ssl будет обрабатываться nginx.
Посмотрите некоторые документы на Обратный прокси Nginx