Как правило, способ создания файлов подобным образом заключается в создании их во время сборки. Вы можете поместить идентификатор приложения в файл, который игнорируется Git (используя ваш .gitignore), и сделать версию наиболее полного файла info.plist. Затем вы можете сгенерировать окончательный файл info.plist во время сборки, используя оба исходных файла.
Если ваш шаг сборки происходит во время процесса CI, вы можете сохранить идентификатор приложения в зашифрованном секрете, который поддерживается большинством платформ CI, и выполнить сборку, извлекая значение из среды вместо файла на диске.