Вы можете использовать numpy для сортировки строк вашего массива.
a = np.array([[1,2], [3, 4], [2,1]])
a
array([[1, 2],
[3, 4],
[2, 1]])
np.ndarray.sort(a)
a
array([[1, 2],
[3, 4],
[1, 2]])
Использование aray_equal для сравнения на равенство строк:
np.array_equal(a[0], a[1])
False
np.array_equal(a[0], a[2])
True
А затем удалить строки с помощью:
np.delete(a, 2, 0)
array([[1, 2],
[3, 4]])