Используйте список-понимание:
[x for x, _ in sorted(enumerate(zip(order, LPT)), key=lambda x: (x[1][0], -x[1][1]))]
Код
order = [4, 1, 2, 1]
LPT = [20, 10, 5, 20]
new_order = [x for x, _ in sorted(enumerate(zip(order, LPT)), key=lambda x: (x[1][0], -x[1][1]))]
# [3, 1, 2, 0]