Позвольте мне сначала уточнить использование jQuery. jQuery - это просто библиотека javascript, и она не имеет ничего общего с ASP.NET или любой другой серверной платформой, такой как PHP или JSP.
Таким образом, вы можете просто использовать jQuery рядом с ASP.NET или даже комбинировать jQuery с ASP.NET 3.5 со встроенным AJAX.
Вы также можете использовать AJAX JQuery, если хотите, и он все еще может работать в ASP.NET. Если вы хотите объединить оба, сначала протестируйте страницу aspx, если вы также хотите использовать UpdatePanel ASP.NET с AJAX jQuery, так как это может привести к несовместимости между ними.