Я только что провел небольшой эксперимент. Я создал один репозиторий (foo) с одним большим файлом. Затем я клонировал это в bar, использовал hg cp, чтобы скопировать файл в два файла, и удалил половину в обоих файлах. Затем я внес изменение, затрагивающее весь файл в foo, и объединил его в bar.
В результате части, содержащиеся в соответствующем файле разбиения, были объединены правильно, в то время как я получил конфликт для удаленных частей: моя локальная версия была пуста, тогда как другая версия была изменена с foo.
Так что, если вы довольны устранением подобных конфликтов при каждом слиянии, это может быть достаточно для вас.