Насколько я понимаю, здесь проблема, ggrepel, который является пакетом, используемым geom_node_text, имеет доступ только к слою, на котором находятся узлы, и не «видит» края.Это делает ggrepel не очень подходящим для сетей (или я что-то упускаю).
К сожалению, у меня тоже нет очень хорошего решения этой проблемы, хотя я искал одно дляпока сейчас.Вот два предположения о том, как вы (или кто-либо другой) могли бы перейти к более эффективному способу маркировки с помощью ggraph():
1: текст в виде узлов
Итак, одна идея, которая у меня была, заключалась в том, чтобы позволить сетиАлгоритм верстки сделает всю работу за нас.Я делаю другой набор узлов, которые содержат только метки.Узлы метки подключены только к одному соответствующему узлу в сети, которую они маркируют.Здесь мы идем:
library(dplyr)
library(ggraph)
library(tidygraph)
set.seed(123)
reprex <- tibble(from = sample(1:10, 100, replace = TRUE),
to = sample(1:10, 100, replace = TRUE)) %>%
as_tbl_graph() %>%
activate(edges) %>%
mutate(color = "grey")
Я добавляю серый цвет края здесь, так как у нас будет два разных цвета в конечном графике.
nodes <- reprex %>%
activate(nodes) %>%
as_tibble() # extract data.frame of nodes
# create new graph with just the lables
labels <- tibble(from = 1:10,
to = 11:20) %>%
as_tbl_graph() %>%
activate(nodes) %>%
mutate(label1 = "label",
is_label = !name %in% nodes$name) %>%
activate(edges) %>%
mutate(color = "black")
# join graph and labels
new_graph <- graph_join(labels, reprex, by = "name")
Теперь, когда у нас есть новый график с меткойузлы, мы можем построить.Обратите внимание, что я добавил переменную is_label к новому графику, чтобы мы могли использовать различные формы узлов и убедиться, что помечены только узлы меток:
reprex_plot <- new_graph %>%
ggraph() +
geom_edge_link(aes(color = color)) +
geom_node_point(aes(filter = !is_label, shape = "circle"), show.legend = FALSE) +
scale_edge_color_identity() +
geom_node_text(aes(filter = is_label, label = label1), hjust = -0.1) +
theme_void()
reprex_plot
Ясно, что есть много возможностей для совершенствования.Метки теперь очень далеко от узлов.Они по-прежнему пересекаются с их собственными краями (хотя, я думаю, это можно решить, предоставив лучшие значения Hjust).И хотя это хорошо работает с автоматическим макетом, другие макеты могут делать странные вещи, в зависимости от ваших данных.Я действительно надеюсь, что кто-то еще придумает лучшее решение.Но я подумала, что с таким же успехом могу выложить это здесьМожет быть, кто-то чувствует себя вдохновленным.
2: надписи вместо текста
Еще один способ обойти проблему - использовать белый фон для текста.Это решение основано на том, как программы с графическим интерфейсом для построения сетей решают эту проблему.Для этого мы можем использовать ggplot2 1031 *, хотя geom_node_label() сделает то же самое.Это решение намного проще, но также ограничено.Вот все это в одной трубе:
tibble(from = sample(1:10, 100, replace = TRUE),
to = sample(1:10, 100, replace = TRUE)) %>%
as_tbl_graph() %>%
activate(nodes) %>%
mutate(label1 = "label") %>%
ggraph() +
geom_edge_link(color = "grey") +
geom_node_point() +
geom_label(aes(x = x, y = y, label = label1), nudge_y = 0.1, label.size = NA) +
theme_void()
Я убрал границу на метках и поместил их прямо над их узлами (nudge_y = 0.1).Ваши результаты могут отличаться в зависимости от размера графика, поэтому вам может потребоваться изменить это значение.
В больших сетях белые поля меток могут закрывать другие узлы.