ошибка с stat_compare_means и несколькими группами - PullRequest
Новая
       19

ошибка с stat_compare_means и несколькими группами

0 голосов
/ 09 мая 2019

Я бы хотел пометить свои боксы pvalues.

Вот мой код: 

ggplot(df_annot,aes(x=Insect,y=index,fill=Fungi))+geom_boxplot(alpha=0.8)+
  geom_point(aes(fill=Fungi),size = 3, shape = 21,position = position_jitterdodge(jitter.width = 0.02,jitter.height = 0))+
  facet_wrap(~Location,scales="free" )+
  stat_compare_means(aes(group="Insect"))+
  guides(fill=guide_legend("M. robertii")) +
  scale_x_discrete(labels= c("I+","I-","soil alone"))+
  ylab(index_name)+
  theme(plot.title = element_text(size = 18, face = "bold"))+
  theme(axis.text=element_text(size=14),
        axis.title=element_text(size=14)) + 
  theme(legend.text=element_text(size=14),
        legend.title=element_text(size=14)) +
  theme(strip.text.x = element_text(size = 14))

Вот сообщение об ошибке, которое я получаю:

Предупреждающие сообщения:
1: Неизвестный или неинициализированный столбец: 'p'.
2: Сбой вычисления в stat_compare_means(): отсутствует аргумент "x" без значения по умолчанию
3: Неизвестен или не инициализированстолбец: 'p'.
4: Сбой вычисления в stat_compare_means(): отсутствует аргумент "x" без значения по умолчанию

Я пытался перемещаться по aes() от основноговызов ggplot для вызова boxplot.Я пробовал разные inherit.aes в stat_compare_means().Я попытался сначала поднастроить корневой раздел и сделать их отдельно, но та же ошибка.

Любая помощь приветствуется.

спасибо

вот мои данные: 

> dput(df_annot)
structure(list(Location = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Root", "Rhizospheric Soil"
), class = "factor"), Bean = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Bean", "No bean"), class = "factor"), 
Fungi = structure(c(2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 
2L, 2L), .Label = c("M+", "M-"), class = "factor"), Insect = structure(c(2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Insect", 
"NI"), class = "factor"), index = c(2.90952191983974, 3.19997588762484, 
2.96753469534499, 2.93030877512644, 2.72220793003196, 3.09008037591454, 
2.63687890737919, 2.73583925812843, 3.06766793411045, 3.26431040286099, 
3.03361194852963, 2.9181623054061)), row.names = c("S-B1", 
"S-B2", "S-B3", "S-BF-1", "S-BF-2", "S-BF-3", "S-BFi-1", "S-BFi-2", 
"S-BFi-3", "S-Bi-1", "S-Bi-2", "S-Bi-3"), class = "data.frame")
...