Да, все зависит от того, где они находятся в списке отображения.
, поэтому в этом примере клип 2 находится сверху
var container : Sprite = new Sprite();
var clip1 : Sprite = new Sprite();
var clip2 : Sprite = new Sprite();
container.addChild(clip1);
container.addChild(clip2);
и в этом примере клип 1 находится сверху
var container : Sprite = new Sprite();
var clip1 : Sprite = new Sprite();
var clip2 : Sprite = new Sprite();
container.addChild(clip2);
container.addChild(clip1);
Просто подумайте об этом как о большой старой стопке карт. Возьмите один из середины и поместите его сверху, и это тот, который вы увидите.