Одним из основных изменений с v20 на v21 стало то, что мы теперь проверяем все файлы package.json, которые мы можем найти в вашем проекте (то же самое для сканирования белых источников).
Я предполагаю, что это так в вашем проекте, и поэтому появляются новые результаты аудита.
Я бы порекомендовал вам локально выполнить npm audit --fix
в каталоге вашего package.json и зафиксировать полученный package-lock.json. Если это также не решит вашу проблему, последнее решение было бы пометить эти проблемы аудита npm как «проверенные» в pipe_config.yaml, как описано здесь