Как нормализовать изображения DICOM, поступающие из разных источников? - PullRequest
Новая
       16

Как нормализовать изображения DICOM, поступающие из разных источников?

2 голосов
/ 05 июня 2019

Я пытаюсь составить список эхографических изображений Dicom, используя pydicom и pyplot.Изображения имеют различное значение пикселей (для некоторых изображений значения находятся в диапазоне от 0 до 4000: категория 1), для других от (0 до 16000: категория 2).Построенные изображения из 2-й категории имеют такой вид (обратите внимание, что в эхографии мы почти ничего не видим).Для категории 1 изображения четкие.

Я уже тестировал преобразование в единицы измерения HU, но наклон и значение перехвата для всех изображений соответственно равны 1 и 0. Ничего не изменилось.

Код 

import numpy as np 
import pydicom as dicom 
ds = dicom.read_file(path_dcm) 
plt.imshow(np.invert(ds.pixel_array), cmap =plt.cm.bone)

Я ожидаю, что изображения будут выглядеть как эхография с черным фоном, и где мы можем увидеть, что это за орган, можно сделать некоторые преобразования, используя параметры в метаданных.

Вот текущий график для категории 2 изображение

1 Ответ

0 голосов
/ 06 июня 2019

Вероятно, нет решения вашей проблемы.Rescale Slope и Intercept относятся только к HU на КТ-изображениях.Если оба изображения не имеют одинакового значения в типе масштабирования (0028,1054), оттенки серого изображения не связаны.

Возможно, стоит попытаться умножить значения пикселей изображений категории 1 на 4, чтобы получить аналогичный диапазон.Но без нормализованной эталонной шкалы нет гарантии, что это сработает во всех случаях.

...