Почему элементы из списка исчезают случайно?

Question

Я изучаю Python и пытаюсь реализовать генетический алгоритм с имитацией отжига.Я создал класс, описывающий мою популяцию, который содержит список людей, а также некоторые другие атрибуты и методы.Когда я пытаюсь создать следующее поколение популяции, я хочу удалить генотипы родителей из своей популяции, а затем выполнить имитационный отжиг, чтобы увидеть, буду ли я включать родителей или детей индивидуально в эту популяцию.Проблема возникает при попытке удалить родителей из популяции.

Я проверил, что генотипы родителей действительно есть в популяции.Я создал минимальный рабочий пример, опираясь на очень минимальный пример и расширяя его до появления ошибки.

import random
from math import factorial

class Genotype(object):

    def __init__(self, data_list):
        self.__genotype = data_list
        # fitness is a complicated long function depending on modules,
        # replaced by random for simplicity
        self.fitness = random.random()

    def __eq__(self, other):
        """
        Comparing if two genotypes are equal
        :param other: Other Genotype object
        :type other: Genotype
        :return: True if they are equal, False otherwise
        :rtype: Boolean
        """
        if self.get_genotype() == other.get_genotype():
            return True
        else:
            return False

    def get_genotype(self):
        """ 
        Return the genotype.
        """
        return self.__genotype

class Population(object):

    def __init__(self, genotype_list):
        self.individuals = genotype_list
        self.fitness = self.get_fitness()

    def __getitem__(self, key):
        return self.individuals[key]

    def get_fitness(self):
        return [x.fitness for x in self.individuals]

    def next_generation(self):
        parent_indices = list()
        childs = list()
        # define the number of parents
        number_of_parents = 12
        # Roulette-wheel selection
        eff_fit = self.fitness
        s = sum(eff_fit)
        eff_fit_with_indices = list(enumerate(eff_fit))
        eff_fit_sorted = sorted(eff_fit_with_indices, key=lambda i: i[1])
        for rep in range(number_of_parents):
            r = random.uniform(0, s)
            partial_sum = 0
            for idx, val in enumerate(eff_fit_sorted):
                partial_sum += val[1]
                if partial_sum >= r:
                    parent_indices.append(val)
                    break

        parent_genotypes = [self[x[0]] for x in parent_indices]

        for parent in parent_genotypes:
            self.individuals.remove(parent)

        return self

individuals = 120
rectangle_number = 79
max_permutations = factorial(rectangle_number)

master_genotype = range(0, rectangle_number)

# creating initial genotypes
initial_genotypes = list()
for idx in range(0, individuals):
    unique = False
    temp_seed = random.randint(1, max_permutations)
    random.seed(temp_seed)
    while not unique:
        temp_genotype_data_list = list(master_genotype)
        random.shuffle(temp_genotype_data_list)
        temp_genotype = Genotype(temp_genotype_data_list)
        if temp_genotype not in initial_genotypes:
            initial_genotypes.append(temp_genotype)
            unique = True

population = Population(initial_genotypes) 
population.next_generation()

Я ожидал, что у self будет меньше членов, поскольку родители удалены, однако я получаюследующая ошибка:

Exception has occured: ValueError
list.remove(x): x not in list