Если у вас есть классы пользовательского интерфейса, вам нужно будет удалить их (как вы уже заметили). Если у вас есть не-пользовательские классы, импортирующие Cocoa.h, их, как правило, не должно быть (AppKit, который реализован в Cocoa.h, в основном UI). Замените Cocoa.h на #import <Foundation/Foundation.h>
. Если они на самом деле полагаются на что-то в Cocoa.h, то вам нужно перенести работу.