1) У них разные цели. CurrentUser для вещей, которые принадлежат вам, пользователю. LocalMachine для вещей, которые принадлежат машине. Это имеет больше смысла на серверах или многопользовательских рабочих станциях.
2) CurrentUser, если речь идет о пользователе.
3) Конечно. Именно здесь IIS ищет сертификаты TLS / SSL, именно там живет сертификат удостоверения удаленного рабочего стола компьютера и т. Д. Все, что связано с именем компьютера, или все, что используется несколькими пользователями.