Звучит как хороший повод для разрушения хранилища.
Git clean не поможет, поскольку файлы, которые вы хотите удалить, управляются версиями, поэтому git clean действует только для неотслеживаемых файлов и не удаляет их.
Вы можете попробовать установить для переменной GIT_STRATEGY значение none, чтобы gitlab не мог клонировать репозиторий, а затем выполнить проверку самостоятельно, используя разреженную проверку в своем скрипте задания.
variables:
GIT_STRATEGY: none