Как импортировать пакет R KernSmooth в Python, используя Rpy2? - PullRequest
Новая
       27

Как импортировать пакет R KernSmooth в Python, используя Rpy2?

0 голосов
/ 05 июня 2019

Я использую Python 3.7 и rpy2 2.9.4 и установил пакет r-kernsmooth (https://www.rdocumentation.org/packages/KernSmooth/versions/2.23-15), который доступен в дистрибутиве anaconda (https://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/), используя conda install r-kernsmooth втерминал.

Когда я пытаюсь импортировать пакет 'r-kernsmooth' в Python, я получаю следующую ошибку: 

import rpy2.robjects.packages as rpackages
kernsmooth = rpackages.importr('r-kernsmooth')
---------------------------------------------------------------------------
RRuntimeError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-29-3b8fa4366a16> in <module>
      1 import rpy2.robjects.packages as rpackages
----> 2 utils = rpackages.importr('r-kernsmooth')

/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/packages.py in importr(name, lib_loc, robject_translations, signature_translation, suppress_messages, on_conflict, symbol_r2python, symbol_check_after, data)
    451     if _package_has_namespace(rname, 
    452                               _system_file(package = rname)):
--> 453         env = _get_namespace(rname)
    454         version = _get_namespace_version(rname)[0]
    455         exported_names = set(_get_namespace_exports(rname))

RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘r-kernsmooth’

И действительно, проверяя путь / anaconda3 / lib / python3.7 / site-packages / rpy2 / robjects / packages.py нет пакета с именем r-kernsmooth.

Однако у меня нет проблем с импортом пакета 'utils' с использованием точно такой же процедуры.

Следует отметить, что ранее я установил KernSmooth в RStudio, и у меня нет проблем с его использованием там.

Что-то не так с моим кодом? Или может быть повреждена среда anaconda?

1 Ответ

0 голосов
/ 06 июня 2019

Я нашел виновника: Похоже, было несколько пакетов conda, вызывающих несоответствия , и поэтому 'KernSmooth' не был правильно установлен через anaconda. 

(base) Sebastians-MacBook-Pro:~ sebastiangsell$ conda update r-kernsmooth
Collecting package metadata: done
Solving environment: - 
The environment is inconsistent, please check the package plan carefully
The following packages are causing the inconsistency:

  - defaults/osx-64::jupyterlab_launcher==0.13.1=py37_0
  - defaults/osx-64::nbconvert==5.4.0=py37_1
  - defaults/osx-64::jupyterlab==0.35.3=py37_0
  - defaults/osx-64::jupyter==1.0.0=py37_7
  - defaults/osx-64::ipywidgets==7.4.2=py37_0
  - defaults/osx-64::notebook==5.7.4=py37_0
  - defaults/osx-64::spyder==3.3.2=py37_0
  - defaults/osx-64::jupyterlab_server==0.2.0=py37_0
  - defaults/osx-64::widgetsnbextension==3.4.2=py37_0
  - defaults/osx-64::_ipyw_jlab_nb_ext_conf==0.1.0=py37_0
  - defaults/osx-64::xlwings==0.15.1=py37_0

Я следил за обсуждением на GitHub (https://github.com/conda/conda/issues/8490), которое указывало на проблему с последней версией anaconda (по состоянию на conda 4.6.9 ): https://github.com/conda/conda/pull/8444

Восстановление согласованности в среде anaconda путем переустановки пакетов, перечисленных как несовместимые , решила проблему для меня: 

conda install package_name

Надеюсь, это поможет.

...