Noweb будет выгружать файлы относительно текущего рабочего каталога или по указанному вами абсолютному пути. Просто не используйте * в конце вашего имени файла (чтобы не вставлять директивы препроцессора #). Я бы порекомендовал использовать% def с @, чтобы показать, где вы определяете и используете имена.
<</path/to/file.java>>=
reallyImportantVariable += 1;
@ %def reallyImportantVariable
noweb позволяет вам переупорядочивать и (настоящий выигрыш) повторно использовать фрагменты кода, которые, я не думаю, будет понятен javac.
Я бы согласился, что, поскольку большинство людей ожидает, что вы будете использовать Javadoc, вы, вероятно, плывете против потока, чтобы использовать noweb.