Использование
ffmpeg -i input.mkv -i logo.png -lavfi "[0:v]scale=iw:iw*3/4,boxblur=luma_radius=min(h\,w)/40:luma_power=3:chroma_radius=min(cw\,ch)/40:chroma_power=1[bg];[bg][0:v]overlay=(W-w)/2:(H-h)/2,setsar=1,crop=h=iw*3/4[v];[1][v]scale2ref=iw*0.15:ow/mdar[wm][v];[v][wm]overlay=W-w-5:5,ass=input.ass" output.mkv
Фильтры для логотипа scale2ref и оверлея идут после создания основного видео.