Мы можем использовать as.yearmon
от zoo
library(zoo)
as.Date(as.yearmon(df$Date), frac = 0)
#[1] "2001-07-01" "2001-08-01" "2001-09-01" "2001-10-01" "2001-11-01" "2001-12-01"
Или без использования каких-либо внешних пакетов
as.Date(format(df$Date, "%Y-%m-01"))
Данные
df <- structure(list(Date = structure(c(11534, 11565, 11595, 11626,
11656, 11687), class = "Date")), row.names = c(NA, -6L),
class = "data.frame")