Функция file.path не находит файлы

Question

У меня есть код, который ищет определенные файлы в папке в соответствии с моим файлом примеров.

reads <- dir(path = file.path(reads_folder, samples$SAMPLE_ID), 
             pattern = "fastq.gz$", full.names = TRUE)

Код прекрасно работает, когда у меня следующая структура: reads_folder / SAMPLE_ID01 / SAMPLE_ID_01.fastq.gz .

Но я хочу изменить свою файловую структуру и оставить ее только в одной папке, например, reads_folder / SAMPLE_ID_01.fastq.gz .Таким образом, тот же код не работает, потому что он ожидает, что SAMPLE_ID будет папкой.

Кто-нибудь знает, как это сделать, чтобы выбранные файлы были теми, которые есть у меня в файле примеров?

Answer 1

Если вы хотите получить доступ к файлам в нескольких подпапках, вы можете установить аргумент recursive = TRUE. Также, чтобы получить несколько образцов выборки, вы можете собрать значения, используя paste.

multiple_samples <- paste0(samples$SAMPLE_ID, collapse = "|")
multiple_samples <- paste0("(", multiple_samples, ")+")

reads <- dir(path = reads_folder, 
             pattern = paste0(multiple_samples, ".*\\.fastq.gz$"), 
             full.names = TRUE, 
             recursive = TRUE)