numpy genfromtxt читает первое значение csv как отсутствующее? - PullRequest
Новая
       19

numpy genfromtxt читает первое значение csv как отсутствующее?

0 голосов
/ 09 мая 2019

Я пытаюсь использовать genfromtxt numpy для чтения csv длин связей и энергий в массивы (чтобы использовать для генерации поверхности потенциальной энергии и пути реакции, поэтому я буду использовать scipy.interpolate - отсюда необходимость для каждого значения...).

Проблема в том, что genfromtxt считывает первое значение каждого ввода csv как NaN.Как мне это исправить?

Например, у меня есть следующие данные в dcm_oh_lengths.csv: 

1.0763,1.1263,1.1763,1.2263,1.2763,1.3263,1.3763,1.4263,1.4763,1.5263,1.5763

И я называю это с помощью 

oh_all = np.genfromtxt(solv+'_oh_lengths.csv',dtype=float,delimiter=',')

Иoh_all возвращает 

array([   nan, 1.1263, 1.1763, 1.2263, 1.2763, 1.3263, 1.3763, 1.4263,
       1.4763, 1.5263, 1.5763])

Таким образом, первая точка данных читается как отсутствующая.Если я изменю данные на 

,1.0763,1.1263,1.1763,1.2263,1.2763,1.3263,1.3763,1.4263,1.4763,1.5263,1.5763

, то, сделав то же самое, вы получите 

array([   nan, 1.0763, 1.1263, 1.1763, 1.2263, 1.2763, 1.3263, 1.3763,
       1.4263, 1.4763, 1.5263, 1.5763])

В качестве более длинного примера, первые несколько строк энергий (dcm_energies.csv):1020 * 

-7162979.201,-7163010.482,-7163033.634,-7163043.279,-7163060.113,-7163068.894,-7163076.255,-7163078.541,-7163080.908,-7163056.179,-7163081.743
-7163005.74,-7163031.808,-7163050.794,-7163056.603,-7163064.619,-7163070.65,-7163080.606,-7163080.682,-7163081.125,-7163052.444,-7163078.824
-7163024.746,-7163046.199,-7163061.278,-7163063.603,-7163068.336,-7163071.692,-7163079.11,-7163077.25,-7163075.861,-7163043.325,-7163070.561 (...)

И вызов его через genfromtxt, как указано выше, дает: 

array([[         nan, -7163010.482, -7163033.634, -7163043.279,
        -7163060.113, -7163068.894, -7163076.255, -7163078.541,
        -7163080.908, -7163056.179, -7163081.743],
       [-7163005.74 , -7163031.808, -7163050.794, -7163056.603,
        -7163064.619, -7163070.65 , -7163080.606, -7163080.682,
        -7163081.125, -7163052.444, -7163078.824],
       [-7163024.746, -7163046.199, -7163061.278, -7163063.603,
        -7163068.336, -7163071.692, -7163079.11 , -7163077.25 ,
        -7163075.861, -7163043.325, -7163070.561], (...)

1 Ответ

0 голосов
/ 10 мая 2019

Я предполагаю, что файл начинается с "метки порядка байтов" (BOM) .Как был создан файл?

Попробуйте это: 

with open('dcm_oh_lengths.csv', 'r', encoding='utf-8-sig') as f: 
    oh_all = np.genfromtxt(f, dtype=float, delimiter=',')
...