Есть раздел кода, но он говорит, что мой float не может быть интерпретирован как целое число, хотя я не знаю, как это изменить - у кого-нибудь есть идея?
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from pandas import DataFrame # to build our table of data from the video. import glob import pims # to import the video. from pims import pipeline # a decorator to allow dynamic loading of videos
import scipy.ndimage as nd # for Gaussian filter.
import trackpy as tp # for object tracking functions.
crop = (slice(100, 1000), slice(500, 1250), 0)
thresh = 130
x = glob.glob('/Users/charlieargent/Extended Report /Potassium nitrate 1 hour//')
def readvid(x):
frames = pims.Video(x)
return(frames)
@pipeline
def crop_frame(frame):
return frame[crop]
@pipeline
def filter_frame(frame):
return nd.filters.gaussian_filter( crop_frame(frame), [2, 2] )
@pipeline
def binary_inv_frame(frame):
return ( (255 - filter_frame(frame) > thresh)*255 ).astype('uint8')
for i in x:
find_cells = tp.batch( binary_inv_frame(readvid(i)), 21, minmass = 200, invert = False )
tracks = tp.link_df( find_cells, 25, memory = 0 )
tracks_long = tp.filter_stubs( tracks, 5 )
msds = tp.imsd( tracks_long, 1, 25 )
y = i.split("/")[-3], i.split("/")[-2], i.split("/")[-1]
msds.to_csv("{}.csv".format(y))
Ошибка:
Файл "", строка 1, в
runfile ('/ Users / charlieargent / Расширенный отчет /Analysis/untitled1.py', wdir = '/ Users / charlieargent / Расширенный отчет / Анализ')
Файл "/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/spyder_kernels/customize/spydercustomize.py", строка 786, в runfile
execfile (имя файла, пространство имен)
Файл "/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/spyder_kernels/customize/spydercustomize.py", строка 110, в execfile
exec (compile (f.read (), filename, 'exec'), пространство имен)
Файл "/ Users / charlieargent / Расширенный отчет /Analysis/untitled1.py", строка 45, в
find_cells = tp.batch (binary_inv_frame (readvid (i)), 21, minmass = 200, инвертировать = False)
Файл "/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/slicerator/init.py", строка 687, в процессе
обратный конвейер (proc_func, * предки)
Файл "/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/slicerator/init.py", строка 415, в init
self._len = len (предки [0])
TypeError: объект 'float' не может быть интерпретирован как целое число