Да, git pull
удалит файлы, которые были удалены в другом хранилище. Поэтому сделайте резервную копию файлов перед извлечением.
Сохраните их на более длительный срок, если считаете, что они вам нужны Потому что git checkout
также удалит файлы, если вы переключитесь на ветку, где эти файлы были удалены.